Emiya Alter siguió la ruta de Shirou como conocemos, siendo un aliado de la justicia y demás en vida. Pero...se encontró con el culto de Kiara Sessyoin. Un culto de Tachikawa-ryu (una escuela de budismo que cree en alcanzar la iluminación a través de sexo). El culto era enfermizo y suicida, ya que la gente amaba tanto a Kiara, su líder, que eventualmente se volvían dependientes de maltratarla, tener sexo con ella, hablarle o lo que fuera relacionado con ella, al punto de que se suicidaban para evitar perderla o solo se volvían locos y lo hacían, además de hacer lo que fuera por ella. Emiya identificó a Kiara como lo único maligno del culto y dedujo que dejarla vivir causaría muchísimo más daño así que decidió eliminarla, pero la gente del culto la protegía así que tuvo que abrirse paso matando a todos. Tras esto, aunque consiguió su objetivo, había roto sus ideales en su perspectiva habiendo matado a tantos inocentes, por lo cual se odió y odia a sí mismo y continuó adelante como un despiadado ejecutor.
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"Sus recuerdos están dañados, y su pasado está igualmente perdido. El hombre ha abandonado la moralidad y despreciado los lazos de afecto, burlándose de sí mismo, que se ha convertido en un hombre muerto caminando mientras sigue su camino."
Carente de ideales o ideología... consecuentemente, en su más alto punto de eficiencia. Prácticamente como una máquina - o lo que el anti-héroe sin nombre se autoproclama. Siendo que el fundamento de su existencia está en algunas porciones corrompidas, persigue sus objetivos abriéndose paso a través de matanza.
Aún así, cabe aclarar que Emiya Alter no es un psicópata para nada, o alguien que cae en los clichés de "matar por placer" o "porque sí". Usualmente no hace daño si no tiene que hacerlo, por lo cual en teoría conserva al igual que Archer la base de "no gustar de masacres innecesarias".
