La Inquisición puede actuar por acusación, por denuncia o de oficio. Hay tres opciones posibles:
► Que los procesados se presenten libre y voluntariamente a confesar sus faltas; en este caso serían sancionados con medidas espirituales, generalmente leves.
► Que se arrepientan solamente por miedo a la muerte; sufrirían entonces penas de prisión.
► Que se mantengan obstinados en sus errores; de ser así serían relajados al brazo secular para que se les aplique la pena de muerte.
En los comienzos de la Iglesia la pena habitual por herejía era la excomunión. En su momento San Agustín aprobó con reservas la acción del Estado contra los herejes, aunque la Iglesia en general desaprobaba en ese momento los castigos físicos. Sin embargo, los esfuerzos iniciales destinados a someter la herejía no estuvieron bien coordinados y fueron ineficaces. En respuesta al resurgimiento de la herejía la Iglesia se vio obligada a llevar a cabo métodos más drásticos, pero efectivos.
La herejía es una doctrina que se opone inmediata, directa y contradictoriamente a la verdad revelada por Dios y propuesta auténticamente como tal por la Iglesia. Se considera hereje a toda esa persona que se dedique a profesar la inexistencia de Dios o a llevar a cabo actos que la Iglesia desaprueba, entre los actos de herejía más sobresalientes están el uso de magia (blanca, negra o de cualquier tipo no está bien visto para la Iglesia) la cual practican los brujos y la existencia de seres considerados como demoníacos como lo son los vampiros, los licántropos y cambiaformas. La Iglesia se dedica a cazar a estos seres de una manera discreta pero segura. Otros actos que son reprobados por la Iglesia es el ateísmo, la práctica de otras religiones que no sea la católica, la homosexualidad, etc. La Iglesia es muy estricta en ese sentido, su principal objetivo es redimir a esas personas o acabar con todos estos demonios (seres sobrenaturales) y limpiar a la sociedad de entes malignos que pudieran perturbar la paz entre los ciudadanos, pero muy por encima de ello, atraerlos al lado oscuro y hasta convertirlos en uno de ellos.
